Magiê citrate nói chung không phải là một chất có hại, nhưng nên cẩn thận bằng cách tham khảo ý kiến chuyên gia chăm sóc sức khỏe nếu có bất kỳ vấn đề bất lợi nào về sức khỏe bị nghi ngờ hoặc có kinh nghiệm. Quá liều magiê quá mức có thể dẫn đến các biến chứng nghiêm trọng như nhịp tim chậm, huyết áp thấp, buồn nôn, buồn ngủ, vv Nếu đủ nghiêm trọng, quá liều thậm chí có thể dẫn đến hôn mê hoặc tử vong.[6] Tuy nhiên, quá liều vừa phải sẽ được bài tiết qua thận, trừ khi người ta có vấn đề nghiêm trọng về thận. Chảy máu trực tràng hoặc không đi tiêu sau khi sử dụng có thể là dấu hiệu của một tình trạng nghiêm trọng.